従業員の給与から住民税を天引きして会社が納める仕組みを、個人住民税の特別徴収といいます。所得税の源泉徴収と似ていますが、住民税は前年の所得をもとに市町村が税額を計算し、毎年 6 月から翌年 5 月までの 12 回に分けて徴収する点が異なります。

6 月は新年度の税額に切り替わる月であり、給与計算の担当者にとっては毎年の重要な作業です。切り替えを忘れると、前年度の税額のまま徴収を続けてしまい、納付額のずれや従業員からの問い合わせにつながります。

本記事では、北九州エリアで中小企業の給与計算や税務をサポートしている税理士の視点から、特別徴収の年間の流れと 6 月の切替作業、少人数の会社が使える納期の特例について整理して解説します。

個人住民税の特別徴収の仕組み

個人住民税は、昨年 1 月から 12 月の所得をもとに、今年度の税額が決まります。会社は 1 月末までに給与支払報告書を従業員の住所地の市町村へ提出し、市町村がその内容をもとに税額を計算します。

計算された税額は、5 月中に「特別徴収税額の決定通知書」として会社に届きます。会社はこの通知書に記載された月ごとの税額を、6 月支給の給与から翌年 5 月支給の給与まで 12 回に分けて天引きし、翌月 10 日までに市町村へ納付します。

住民税の特別徴収は原則としてすべての事業者に義務付けられており、従業員が希望しても普通徴収（本人が納付書で納める方法）を選ぶことは基本的にできません。

所得税の源泉徴収との違い

所得税は当年の給与に対してその都度税額を計算しますが、住民税は前年の所得に対する税額を翌年度に納める後払いの仕組みです。このため、給与が減った年でも住民税は前年の高い所得をもとに計算された額を納めることになります。

項目	住民税の特別徴収
税額の計算	市町村が前年の所得をもとに計算
徴収期間	6 月から翌年 5 月までの 12 回
納付先	従業員の住所地の市町村
納期限	徴収した月の翌月 10 日

会社は税額を計算する必要がなく、通知書の金額を天引きするだけですが、従業員の住所地ごとに納付先が分かれるため、従業員数が多い会社では納付先の管理に手間がかかります。

6 月の切替作業で確認すること

新年度の税額への切替は、給与計算のなかでも誤りが起きやすい作業です。確認すべき点を順に整理します。

税額通知書の確認

5 月中に届く特別徴収税額の決定通知書には、従業員ごとの年税額と月ごとの徴収額が記載されています。まず、通知書に記載された従業員が現在の在籍者と一致しているかを確認します。すでに退職した従業員が載っていたり、新しく入社した従業員が載っていなかったりしたら、市町村へ異動届を出します。

通知書は市町村ごとに届くため、従業員が複数の市町村に住んでいる会社では、すべての通知書がそろっているかも確認します。届いていない市町村があれば、早めに問い合わせてください。

給与計算ソフトのマスター更新

通知書の金額を、ソフトの住民税マスターに従業員ごとに登録します。多くのソフトでは従業員ごとに 6 月分と 7 月以降分の金額を入力する仕様になっています。入力後は、6 月支給の給与計算の前に登録内容をもう一度確認します。

電子データで税額通知を受け取っている会社は、データを取り込むことで入力の手間と誤りを減らせます。eLTAX を利用した電子通知は年々利用が広がっており、従業員数が多い会社ほど導入の効果があります。

6 月分の端数調整

年税額を 12 で割った際に生じる端数は、6 月分にまとめて加算されます。そのため、6 月分の徴収額だけが 7 月以降の金額と異なるのが一般的です。毎月同じ額を登録すると、6 月分の納付額が通知書と合いません。6 月と 7 月以降は分けて登録してください。

たとえば年税額が 121,000 円の場合、7 月から翌年 5 月までは各 10,000 円、6 月は端数を含めた 11,000 円になります。給与明細を見た従業員から「6 月だけ住民税が高い」と質問されることがあるため、端数調整の仕組みを説明できるようにしておきましょう。

納期の特例で年 2 回の納付に

給与の支払いを受ける従業員が常時 10 人未満の会社は、市町村に申請することで納期の特例を受けられます。この特例が認められると、毎月の納付に代えて年 2 回にまとめて納付できます。

納付回	納期限と対象期間
第 1 回	6 月 10 日（前年 12 月から当年 5 月までの徴収分）
第 2 回	12 月 10 日（6 月から 11 月までの徴収分）

所得税の源泉所得税にも同様の納期の特例（7 月 10 日と 1 月 20 日）がありますが、住民税の納期限は 6 月 10 日と 12 月 10 日で、所得税とは時期が異なります。両方の特例を受けている会社は、納付月を混同しないよう注意してください。

申請の方法

納期の特例を受けるには、従業員の住所地の市町村ごとに「特別徴収税額の納期の特例に関する申請書」を提出します。申請は市町村ごとです。従業員が複数の市町村に住んでいる場合はそれぞれに提出します。

承認を受けた後に従業員が 10 人以上になった場合は、特例の要件を満たさなくなるため、市町村へ届け出て毎月納付に戻す必要があります。

資金繰りの注意点

納期の特例は毎月の納付の手間を省けますが、一度に納める金額は 6 ヶ月分になります。従業員 8 人で 1 人あたり月 1 万円の住民税であれば、年 2 回の納付額は各 48 万円です。

徴収した住民税は従業員から預かったお金です。運転資金と混ざって納付時に不足することがないよう、預り金として別に管理するか、月ごとに積み立てておくことをおすすめします。納付が遅れると延滞金がかかります。市町村から特例を取り消されることもあります。

従業員の入退社があった場合の手続き

年度の途中で入退社があると、その都度、市町村への届出が発生します。

退職した場合

退職日の翌月 10 日までに「給与所得者異動届出書」を市町村へ提出します。残りの税額は、退職時期によって取扱いが異なります。

6 月 1 日から 12 月 31 日までの退職では、本人の申出があれば残額を最後の給与や退職金から一括徴収し、申出がなければ普通徴収に切り替えます。1 月 1 日から 4 月 30 日までの退職では、本人の申出がなくても残額を一括徴収するのが原則です。5 月中の退職は 5 月分を通常どおり徴収すれば完了します。

入社した場合

新しく入社した従業員が前の勤務先で特別徴収を受けていた場合は、異動届出書を提出して特別徴収を引き継ぎます。前の勤務先で普通徴収に切り替わっている場合は、本人が納付書で納めるか、会社が特別徴収への切替を市町村に申請するかを選びます。

年度の途中で特別徴収を始めると、残りの月数で税額を割り直した通知書が届きます。通知書が届くまでは天引きを始めず、届いてから通知された金額で徴収します。

年間スケジュールで見る特別徴収の実務

特別徴収の作業は 1 年を通じて決まった時期に発生します。年間の流れを把握しておくと、繁忙期に慌てずに済みます。

時期	主な作業
1 月	給与支払報告書を従業員の住所地の市町村へ提出（1 月 31 日まで）
5 月	特別徴収税額の決定通知書が届く。内容を確認し給与計算ソフトを更新
6 月	新年度の税額で徴収開始。端数調整のある 6 月分に注意
6 月・12 月	納期の特例を受けている場合の納付（各 10 日）
随時	従業員の入退社に伴う異動届出書の提出

1 月の給与支払報告書は、年末調整の結果をもとに作成します。年末調整の誤りはそのまま住民税の税額に反映されるため、年末調整の段階で扶養控除や保険料控除の内容を正確に処理しておくことが、翌年度の住民税トラブルを防ぐ近道です。

退職者の分も給与支払報告書を提出します。年の途中で退職した従業員の分を提出し忘れると、市町村がその従業員の所得を把握できず、後日本人に問い合わせが届くことになります。

給与計算ソフトを使う場合の注意点

住民税の登録画面は、「6 月分」と「7 月以降分」を分けて入力する仕様が一般的です。年税額だけを入力して自動で 12 分割するタイプのソフトもありますが、市町村の端数処理と一致しないことがあるため、通知書の金額をそのまま入力する方が確実です。

また、従業員の住所地が変わった場合、住民税の納付先は 1 月 1 日時点の住所地の市町村のまま年度末まで変わりません。引っ越し後すぐに納付先を変えてしまう誤りが見られるため、住所変更があっても年度内の納付先は通知書のとおりに維持してください。

当事務所の考え方

従業員 10 人未満のお客様には、所得税の納期の特例とあわせて住民税の納期の特例も申請するようお勧めしています。毎月の納付作業が年 2 回になり、経理の手間が目に見えて減ります。

一方で、預り金の管理が苦手な会社には申請を勧めていません。6 ヶ月分をまとめて納める資金が用意できず、延滞金や特例の取消しにつながった例があるためです。毎月納付のまま、納付を習慣にする方が結果的に安全なこともあります。

よくある質問

住民税の特別徴収について、当事務所によく寄せられる質問をまとめます。

Q1. 従業員から普通徴収にしてほしいと言われた場合はどうすればよいですか

原則として特別徴収が義務付けられているため、従業員の希望だけで普通徴収に切り替えることはできません。ただし、退職予定者や給与が少なく天引きできない従業員など、市町村が定める一定の要件に該当する場合は普通徴収が認められることがあります。市町村の基準を確認したうえで対応してください。

Q2. 税額通知書が届かない従業員がいる場合はどうすればよいですか

給与支払報告書の提出もれ、市町村での処理の遅れ、前年の所得が非課税の範囲内であったなどの理由が考えられます。まず市町村に問い合わせて状況を確認してください。非課税の場合は徴収する税額がないため、通知書自体が発行されません。

Q3. 6 月の切替を忘れて前年度の税額で徴収してしまいました

7 月以降の給与で差額を調整します。徴収しすぎた場合は本人に還付し、不足していた場合は追加で徴収します。納付額も通知書の金額と合わせる必要があるため、市町村への納付書の金額を訂正して納付してください。

Q4. 納期の特例を受けている場合、6 月 10 日の納付は何月分ですか

前年 12 月から当年 5 月までの 6 ヶ月分です。前年度の税額の後半分にあたります。6 月から始まる新年度の税額は、12 月 10 日の納付から反映されます。

Q5. 会社が住民税を納付しなかった場合、従業員に影響はありますか

従業員から徴収した住民税を会社が納付しない場合、納付義務は会社にあるため、督促や延滞金は会社に対して行われます。従業員に直接の影響はありませんが、預かったお金を納めていない状態は会社の信用に関わります。資金繰りが厳しい場合でも、預り金である住民税は優先して納付してください。

6 月の切替と納期の特例を押さえる

個人住民税の特別徴収は、毎年 6 月に新年度の税額へ切り替わります。5 月に届く税額通知書の確認、給与計算ソフトのマスター更新、6 月分の端数調整が主な作業です。従業員 10 人未満の会社は納期の特例を申請すれば年 2 回の納付にできますが、1 回の納付額が大きくなるため資金管理が欠かせません。

当事務所では、北九州エリアの中小企業の皆様に、給与計算から住民税・源泉所得税の納付管理まで、月次の実務を含めてサポートしています。住民税の切替や入退社時の手続きでご不明な点があれば、お気軽にご相談ください。